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Successivamente, si trasferì a Milano con il cugino, lo scultore Ugo Zannoni, e si iscrisse all'Accademia di Brera, dove fu allievo di Giuseppe Bertini. Zannoni partecipò a numerose esposizioni, tra cui quelle di Napoli nel 1877, Milano nel 1881, Roma nel 1884 e Venezia nel 1887, presentando opere come "Marco Antonio rivela al popolo romano il mantello insanguinato di Cesare" e "Cacciatore e volpe". Oltre alla pittura di genere, si dedicò anche a lavori di pittura sacra, realizzando affreschi e pale d'altare in diverse chiese, principalmente a Verona. Tra le sue opere religiose si ricordano "Il buon Samaritano" e gli affreschi nella chiesa dei Filippini a Verona. La sua carriera fu tragicamente interrotta da un incidente durante i lavori di decorazione della chiesa parrocchiale di Monteforte d'Alpone.