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Durante gli anni di formazione, Gignous entrò in contatto con l'ambiente della Scapigliatura milanese, stringendo amicizia con artisti come Tranquillo Cremona e Daniele Ranzoni. Queste frequentazioni influenzarono il suo stile, portandolo a sperimentare una pittura en plein air caratterizzata da una vivace resa cromatica e da una ricerca sugli effetti della luce .
Nel 1870 esordì alla XXIX Esposizione della Società per le Belle Arti di Torino con l'opera "Lavandaie della Magolfa". Negli anni successivi, si dedicò prevalentemente alla pittura di paesaggio, realizzando vedute delle campagne lombarde e piemontesi, spesso in compagnia di amici artisti come Luigi Rossi e Achille Tominetti .
Verso la fine degli anni settanta, Gignous si orientò verso un naturalismo più marcato, influenzato dalle ricerche di Filippo Carcano. Insieme a quest'ultimo, nel 1879, iniziò a dipingere sul Lago Maggiore, inaugurando un repertorio tematico dedicato alle vedute del Verbano, del Mottarone e della Val d'Ossola .
Nel 1887 si trasferì con la moglie Matilde Ferri e i cinque figli a Stresa, dove frequentò l'ambiente culturale del Lago Maggiore e continuò a ritrarre paesaggi montani e lacustri. In questo periodo, aprì uno studio frequentato da giovani allieve, tra cui Camilla Bellorini e Maria Zinelli .
Gignous partecipò a numerose esposizioni nazionali e internazionali, tra cui l'Esposizione nazionale di Milano del 1881, l'Esposizione di Roma del 1883 e la I Esposizione internazionale di Venezia del 1895. Alcune sue opere furono acquistate dal re Umberto I e dal Ministero della Pubblica Istruzione .
Colpito da un tumore alla gola, Eugenio Gignous morì a Stresa il 30 agosto 1906.