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Fin dai primi anni della sua carriera, si dedicò alla rappresentazione della vita quotidiana delle classi popolari, immortalando scene di contadini, artigiani e popolani in ambientazioni rurali o urbane, spesso vestiti con costumi tradizionali.
Indoni predilesse la tecnica dell'acquerello, ma lavorò anche con l'olio su tela, adottando uno stile realistico e meticoloso, capace di cogliere con sensibilità i dettagli della vita semplice e dei paesaggi italiani. Le sue opere, come "Il corteggiamento", "Pastorelli al pozzo" e "Le gitane", sono esempi emblematici della sua produzione, caratterizzata da una narrazione visiva che esalta la dignità e la serenità delle persone comuni.
La sua arte fu particolarmente apprezzata dal mercato straniero, soprattutto in Inghilterra e negli Stati Uniti, dove le sue opere venivano spesso acquistate da collezionisti attratti dalla rappresentazione idealizzata e romantica dell'Italia rurale. Partecipò a numerose esposizioni, ottenendo consensi sia dalla critica che dal pubblico. Tra i suoi lavori più noti figura anche il ritratto di Alessandro Torlonia, realizzato per il Collegio Nazareno di Roma.
Oltre alla sua attività artistica, Indoni ebbe un ruolo significativo nella formazione del giovane Umberto Coromaldi, figlio della sua seconda moglie, che divenne anch'egli un noto pittore. Filippo Indoni morì a Roma nel 1908.